Тихий, апатичный, но мило выглядящий и часто этим пользующийся, четырнадцатилетний Михару Рокудзё — носитель хидзюцу «]», могущественной силы ниндзя, которую многие кланы жаждут заполучить. Тот, кто овладеет «]», станет правителем мира ниндзя Набари.
Одноклассник Михару, Коити Аидзава, и их школьный учитель английского языка, Тобари Дюрандал Кумохира, принадлежат к клану ниндзя Бантэн и просят Михару позволить им защищать его, ведь «]» просыпается, и скоро Михару будет в опасности. Хотя Михару это и не интересует, но он вынужден согласиться на их предложение. Затем на него происходят одно нападение ниндзя за другим. И вскоре к их группе присоединяется очаровательная блондинка-самурай Раймэй Симидзу.
Так с каждым днём всё сильнее и сильнее Михару погружается в мир ниндзя Набари.