В Турции у горы Арарат секретная организация «Аркам» обнаруживает объект, предположительно представляющий собой Ноев Ковчег. Разумеется, такая находка привлекает к себе внимание. Ковчегом не прочь завладеть и одна из подпольных организаций Пентагона США, и на пути у них стоит лишь спецотряд «Аркам», известный как «Спригган».
Японский агент «Сприггана» Ю Оминаэ объединяется с французским агентом Жаном Жакмондо, чтобы противостоять американскому отряду под предводительством полковника МакДугалла — мальчика, который после генетического эксперимента приобрёл сверхъестественные способности. «Сприггану» нужно действовать слаженно и эффективно, дабы не дать МакДугаллу использовать Ковчег для достижения собственных целей.