Пришельцы Гауна — страшная угроза, нависшая над человечеством. Вынужденные искать новый дом, преследуемые ужасными врагами, люди отправились в космос на корабле «Сидония». Хоть рыцарям-пилотам и удается защищать корабль, но это лишь временно. Нагатэ Таникадзэ, один из лучших пилотов, прекрасно знает, что пришельцы медленно одерживают верх. Товарищи гибнут, новое оружие быстро получает отпор. Если ничего не предпринять, враг победит.
Отчаянные ситуации требуют отчаянных действий. Военные и ученые создают химеру на основе забытых знаний. Имя ей Цумуги Сирауи. Существо с телом Гауна и личностью человека теперь помогает в нелегких схватках, но далеко не все одобряют это. Так или иначе, на пути к новому дому землян стоит еще много препятствий.