Прошло три года с тех пор, как «избранные» спасли цифровой мир от зла. Дети повзрослели, а то, что когда-то происходило, забылось. Теперь новому поколению «избранных» предстоит снова стать героями, ведь в мире дигимонов объявился новый враг — Император Дигимонов, который не только унижает дигимонов, но и использует их в своих тёмных умыслах.
Для выполнения этой цели были выбраны три новых ребёнка — Дайсукэ Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноуэ. Получив свои дигивайсы и собственных дигимонов, ребята отправляются в новое приключение.