Химавари Хината переводится в Академию Шиноби, чтобы стать как можно лучшей девушкой-ниндзя, какой она только может быть. Когда она была маленькой, неизвестный ниндзя спас её из падающего самолёта и с тех пор она решила стать такой же, как и он.
В первый же свой день в Академии она встречает Хаято Маденокодзи, нового переведённого учителя, который спасает ей жизнь. Однако Хаято не обладает никакими способностями ниндзя, он стал учителем из-за солидной зарплаты, предлагаемой в Академии, благодаря которой он смог бы выплатить нависший над ним долг. Впрочем, Химавари замечает, что на шее Хаято имеется такая же татуировка, как и на том ниндзе, спасшем её в детстве.