События разворачиваются в параллельном мире после окончания первой арки «Инадзума 11» и рассказывают историю с точки зрения трёх главных героев — Рёхэя Хайзаки, Асуто Инамори и Юмы Носаки.
Группа ребят, живущих на острове, очень любит играть в футбол, но их футбольный клуб внезапно закрывают, и единственный способ вернуть его — выиграть «Футбольный рубеж».
Протагонист Асуто Инамори и его друзья покидают остров и отправляются в Токио, чтобы поступить в среднюю школу Раймон и испытать себя в «Футбольном рубеже». Но их первый матч — против главных претендентов на победу Академии Сэйшо.