С момента последней крупной схватки с фестумами минуло два года. Жители острова Тацумия стали постепенно возвращаться к своей прежней размеренной жизни.
Ослепший Кадзуки Макабэ с каждым днём всё больше теряет веру в обещание, данное ему Соси Минасиро прямо перед своим исчезновением, что он вернётся, и всё вновь станет по-прежнему. Но всё меняется однажды ночью с появлением неопознанной подводной лодки в бухте острова Тацумия, на борту которой оказывается таинственный юноша по имени Мисао Курусу, утверждающий, что его послал не кто иной, как Соси. С появлением Мисао вражда между фестумами и человечеством вспыхивает с новой силой. Кадзуки и остальным пилотам фафниров приходится вновь схлестнуться со старым врагом, на этот раз, пожалуй, в самой важной битве в их жизни — битве, которой суждено определить будущее людей и фестумов.