Огромный мегаполис Метрополис раздирают социальные проблемы. Это мир, где роботы заменили людей во многих сферах производства. Это мир, где правят могущественные государственные корпорации. Это мир, полный предрассудков, насилия и беспорядков, которые растут с каждым днём.
Детектив Бан Шунсаку вместе с племянником Кэничи прибывают в Метрополис для расследования дела доктора Лоутона, обвиняемого в торговле органами. Однако в лаборатории доктора детективы находят только девочку по имени Тима. Она — киборг, потерявшая память о своём прошлом. Также за ней почему-то охотятся власти города. Кэничи хочет помочь ей и помогает девочке скрыться. Бан же вынужден разыскивать своего племянника, при этом открывая страшные тайны города.