Рун Баллот (ルーン・バロット) – бедствующая проститутка-подросток, живущая в Мардок Сити. Однажды амбициозный менеджер казино по имени Шэлл (シェル・セプティノス) подбирает её и даёт ей всё, что она могла бы захотеть. Возрождённая фальшивой невинностью, фальшивым прошлым и фальшивой новой жизнью, данными ей Шэллом, Баллот чувствует огромную благодарность к нему. Однако она не может побороть своё любопытство – почему незнакомый ей человек так много сделал для неё? Поэтому Баллот решает разузнать побольше о прошлом Шэлла через его компьютер. Это оказывается огромной ошибкой, которая изменит всю её жизнь. Когда Шэлл узнаёт о том, что Баллот сделала, он пытается убить её, подложив взрывчатку в машину.
Из-за высокого уровня преступности, в Мардоке принимается новый закон, названный «Скрамбл», который даёт полиции неограниченные полномочия по принятию чрезвычайных и даже нелегальных мер по восстановлению свидетелей. Пользуясь этим новым законом, полиция решает вытащить Баллот из лап смерти, восстановив почти всё её тело с помощью укреплённого синтетического волокна. В скором времени она приходит в себя и, в конечном итоге, изначальная растерянность Баллот постепенно исчезает и на её место приходит жажда мести…