Человечество, будучи поставленным перед угрозой уничтожения от рук инопланетных пришельцев — Зентреди, высылает флоты колонизационных кораблей в космос с целью реализовать миссию по обеспечению собственного будущего. В одном из таких флотов под названием «Макрос Фронтир» жизнь старшеклассника Саотомэ Альто (早乙女アルト) навсегда меняется, когда флот неожиданно атакуют неизвестные существа, как раз в то время, когда он проводит показательное выступление на концерте чрезвычайно популярного поп-идола Шерил Ноум (シェリル・ノーム).
Отряды пришельцев сеют разрушение и хаос; и у Альто, чтобы защитить Ранку Ли (ランカ・リー) — молодую девушку, которую он встретил всего несколькими часами ранее, не остаётся иного выбора, кроме как занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого юнита. Отметив его действия в ходе инцидента, частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron» приглашает Альто присоединиться к их организации, в рядах которой он впоследствии и продолжит защищать как своих друзей, так и «Макросс Фронтир».