История Макроса рассказывает о том, как человечество столкнулось с огромной угрозой — вторжением инопланетян. В этой войне им пришлось построить огромное количество космических кораблей и отправиться бороздить просторы Вселенной, чтобы найти для себя новый дом. В этой войне индивидуальные способности каждого человека играют важную роль: ведь если проиграть это сражение, то ценой за это может стать вся судьба человечества.
События этого сериала разворачиваются в 2067 году, спустя 8 лет после истории «Макросс Фронтир». Команда «Валькирии», полная талантливых идолов и пилотов, работает рука об руку с эскадрильей «Дельта»: вместе они сражаются против «Синдрома Вар» — таинственной сущности, все стремительней поглощающей Галактику. Однако, помимо этого, им приходится то и дело бороться с «Воздушными рыцарями», группой Валькирий из Королевства Ветра.