Ёсукэ Обата — двенадцатилетний сын морского биолога, проживающий на острове Паго-Паго вместе с отцом, — после непродолжительного ночного шторма находит детёныша рептилии, внешне очень похожего на тюленя. Решив позаботиться о новорождённом, Ёсукэ приносит детёныша в лабораторию отца, где даёт ему имя Ку, и впоследствии узнаёт о его истинной природе: Ку является представителем вымерших много миллионов лет назад динозавров — плезиозавров.
Информация о необычной находке попадает в руки секретной французской организации, собирающейся проводить испытания ядерного оружия, как выясняется, в предположительном месте обитания потомков динозавров. Для того, чтобы провести планируемые испытания, они намерены любыми средствами, даже незаконными, скрыть информацию о существовании Ку.