Конец тысячелетия был ознаменован неминуемым концом света. Каждую 1000 лет Ла-Метал, огромная планета, населенная высокоразвитой цивилизацией, по пути своей орбиты проходит рядом с Землей, принося тем самым множество ужасных катаклизмов и стихийных бедствий. В 1999 году Ла-Метал пройдет настолько близко к Земле, что велик риск столкнуться с ней. Ко всему прочему жители планеты Ла-Метал уже давно планируют захват Земли.
Профессор Амамори, сотрудник местной обсерватории, узнает о приближающимся кризисе и рассказывает об этом своей помощнице, Яёй Юкино , которая на самом деле является таинственной Королевой Тысячелетия по имени Ла Андромеда Прометия II, посланная на Землю с планеты Ла-Метал, чтобы наблюдать и тайно править человечеством ровно тысячу лет, до прихода своей последовательницы. Яёй, однако, встает на сторону землян и всеми силами пытается предотвратить неминуемую катастрофу.