В далёком будущем человечество оставило разоренную и отравленную Землю, отправившись в космос. Однако, по неизвестным причинам, из этого ничего не вышло, и людям пришлось вернуться на Землю и обнаружить, что бо́льшая часть планеты, за исключением территории Японии, для жизни стала непригодна. Чтобы разместить всё население, вокруг были созданы дополнительные зоны. В поисках способа вернуться на просторы космоса, была начата реконструкция истории человечества, согласно священной книге Завета. Но в 1431 году эпохи реконструкции население зон, созданных вокруг Японии, взбунтовалось и захватило саму Японию, разделив её на феодальные вотчины и заставив коренной народ уйти.
Сейчас, в 1648 году э.р., беженцы живут в городе-корабле, который непрерывно путешествует над континентом покинутой родины под наблюдением союза реконструкции. Возникают слухи о грядущем апокалипсисе и войне, и реконструкция останавливается для выяснения того, что произойдет после 1648 года.
Воспользовавшись ситуацией, Тори Аой , руководитель академии Высшей Федерации и президент студенческого совета, возглавляет своих сокурсников с целью вернуть себе историческую родину.