В начале ХХI века в Антарктиде упал метеорит, что привело к таянию льдов и затоплению всех прибрежных территорий. По крайней мере, так звучала официальная версия. Мир на время погрузился в хаос, но позднее постепенно восстановился. Это событие получило название Второй удар.

Школьника Синдзи Икари вызвал к себе его отец Гэндо Икари, являющийся главой могущественной организации Nerv. Под давлением отца и обстоятельств Синдзи начал пилотировать самое удивительное и разрушительное оружие людей — боевого робота Евангелион.
На Токио-3, где находится штаб квартира Nerv, напали странные существа, называемые Ангелами. Однако с течением времени Синдзи открывается правда о Втором ударе, Nerv и Ангелах. И его разум начинает медленно погружаться в пучины отчаяния.
Компиляция эпизодов сериала «Евангелион нового поколения» с несколькими переснятыми сценами.