После событий первого сезона прошло полгода. Друага повержен, монстры Башни исчезли и период мира и процветания снизошёл на людей. Джил (ジル) и Фатина (ファティナ), пережившие крушение Башни, пытаются жить дальше, по-прежнему пытаясь понять причины предательства Нибы (ニーバ) и Каи (カーヤ).
Но всё меняется, когда они спасают загадочную девушку от группы солдатов. Её зовут Кай , и она, возможно, является ключом к великой тайне, спрятанной за Башней. Вооружённый опытом предыдущего визита, Джил готовится ещё раз взобраться на Башню…