Далёкое будущее. Земля и бо́льшая часть человечества порабощены воинственной империей ]. Харлок — капитан «Призрачной смерти», космического крейсера, перевозящего беженцев, один из немногих оставшихся противников тирании инопланетных захватчиков — тоже терпит поражение. Подвергшись атаке оккупационных сил Иллюмидуса, он вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагами баз Земли.
На захваченной Иллюмидусом базе Харлок встречает Тотиро Ояму , который показывает ему великолепный линкор, созданный им по потерянным технологиям своих предков, и называет его «Аркадия», в честь родины клана благородных пиратов-рыцарей Харлоков.
Космический капитан Харлок, последний потомок из клана пиратов-рыцарей, начинает свой путь, чтобы освободить Землю и всё человечество.